בדיקות PCR- מדוע ולמה?

המאפיינים של הבדיקה האמינה ביותר לנגיף הקורונה

בדיקה ה PCR נחשבת לבדיקה האמינה ביותר לגילוי נגיף הקורונה. היא מגלה את הנגיף ברמה המולקולארית: דרך חיפוש אחר אבני הבניין שלו: הגנים.  הבדיקה מתבססת על בדיקה הקרויה Quantitative Polymerase Chain Reaction או בקיצור- qPCR (ובתרגום לעברית: תגובת שרשרת כמותית של אנזים הפולימראז). מקור הבדיקה בשיטה שפותחה עוד בראשית שנות השמונים, ובכלל לא עבור נגיף ממשפחת הקורונה. היא בודקת ישירות את נוכחות החומר הגנטי של הנגיף המתקבל ממטוש שבאמצעותו נדגמו ריריות הלוע באזור השקדים והאף.

הבדיקה יכולה לזהות רק מחלה פעילה, שבה החומר הגנטי של הנגיף עדיין נמצא בגוף. היא אינה מזהה מקרים של אנשים שחלו והחלימו: לכך נועדה הבדיקה הסרולוגית – שיטה עקיפה הבודקת נוכחות נוגדנים שהגוף ייצר בעקבות ולאחר מחלה.

הבדיקה מבוצעת במכשיר PCR  המשכפל מקטעים ספציפיים מהחומר הגנטי שבדגימה לעותקים רבים כדי שניתן יהיה לאתר רצפים גנטיים המעידים על הימצאות הנגיף. מעבדת check2fly משתמשת בקיט (חומר בדיקה, ערכה) המחפש בעת ובעונה אחת 3 גנים שונים של נגיף הקורונה בדגימת הנדגם ולכן נחשב ל Gold Standard  ברמה עולמית, ומאפשר להגיע לרגישות ולספציפיות מירביים: לכל אחד מהגנים הנבדקים תפקיד שונה בקידוד חלבונים או אנזים של הנגיף.

הקיט איתו אנו עובדים מצליח לאבחן מי שנושא את המחלה החל מ 50 עותקים של הגנים כפי שאותרו בדגימת החולה. זהו סף הרגישות האנליטית של המבחן. אצל חולה פעיל יש בדגימה מיליארדי חלקיקי נגיף, ובמילים אחרות, מיליארדים של עותקי גנים.

סוגי התוצאות שניתן לקבל בבדיקה

1. חיובית: נמצאה בדגימה כמות משמעותית של חומר גנטי של נגיף הקורונה. יש להיכנס לבידוד.
2. חיובית גבולית: מצביעה על המצאות כמות קטנה של חומר גנטי של נגיף הקורונה כי המחלה הייתה בשלב מוקדם או בסמוך להחלמה, או בגלל שהדגימה לא נלקחה בתנאים אופטימליים. במקרים כאלה יש לחזור על הבדיקה בתוך 48-72 שעות לתשובה הראשונה ולהישאר עד אז בבידוד.
3. שלילית: לא נמצא חומר גנטי של נגיף הקורונה בדגימה.

תשובה חיובית

תשובה חיובית מהווה אינדיקציה לכך שהנבדק הוא נשא של הנגיף ונחשב לחולה מאומת בקורונה, גם אם לא הופיעו תסמינים. בדיקת PCR יכולה לאבחן הידבקות בקורונה מספר ימים לאחר החשיפה לחולה מאומת, כלומר בזמן הדגירה של הנגיף והופעת התסמינים ולכן היא מבוצעת בשלבים הראשונים של המחלה.

תוצאה שלילית שגויה

נדגם עלול לקבל תוצאה שלילית למרות שלמעשה הוא חיובי- מצב הקרוי בלעז false negative. מצב בלתי רצוי זה עלול להתרחש ממספר סיבות:

1. הדיגום לא היה כהלכה
2. העומס הנגיפי אצל הנדגם היה נמוך מאוד מאחר והוא מצוי בסמוך להדבקות או בסופה.
3. נעשה שימוש בקיט עם רגישות נמוכה שלא אפשרה אבחון הנגיף ברמות בהן היה בדגימה.

יש לציין שבמעבדת check2fly אנו עושים כל שאנו יכולים כדי למנוע מצבים של תוצאה שלילית שגויה, באמצעות דיגום איכותי (כאשר אנחנו הגורם הדוגם) וכמובן שימוש בקיט בעל רגישות וספציפיות גבוהה (כפי שתואר לעיל).

נבדקנו בשתי מעבדות שונות וקיבלנו תוצאה שונה! הכיצד?

האם יתכן שבסמיכות זמנים מי שנבדק  בשתי מעבדות שונות יקבל תוצאה שונה ? אכן הדבר אפשרי ועלול לנבוע ממספר סיבות שונות, כל אחת לחוד או כולן יחד…

1. אופן הדיגום הוא קריטי לקבלת תשובה מהימנה.  הבדלים בצורת הדיגום בין דוגמים או אתרים שונים עלולים  להטות את תוצאת הבדיקה.
2. מועד הדיגום אף הוא מכריע. הסטטוס של הנבדק יכול להשתנות בתוך 24 שעות.
3. קיים סיכוי לא מבוטל שמעבדה אחת ממנה נתקבלה תוצאה עובדת עם קיט אחד ומעבדה שניה ממנה נתקבלה תשובה שונה עובדת עם קיט אחר. כפי שציינו הרגישות של קיטים שונים אינה זהה.

על  PCR ואבחון הווריאנטים

נגיף הקורונה יוצר מוטציות ללא הרף, חלק מהן מצליחות להתפשט, להדביק ולגרום לתחלואה. תמיד צצה השאלה אם מבחן ה PCR שבידנו מצליח לתת לו מענה אבחנתי ואנו תמיד עם היד על הדופק לכסות את אותן מוטציות בשיטות האבחון שלנו  בכדי להבטיח את התוצאות הערכיות ביותר.

בנובמבר 2021 בודד לראשונה זן חדש שנוצר בבוטסואנה ודרום אפריקה המוכר בשם אומיקרון עוד לא נאמרה המילה האחרונה והנה צץ לו עוד וואריאנט בשם  BA1 וכעת BA2  המתפשט פי 30 מהר יותר מהאומיקרון. בד בבד, אך לא נמצא הבדל משמעותי בשיעור הנזקקים לאשפוז או בחומרת המחלה. במרץ 2022 היווה זן זה  כ 50% מכלל הווריאנטים המאופיינים בארץ.

מאת: ד"ר יורם כנס- מיקרוביולוג קליני ראשי, מנהל מקצועי של אגף הדוגמים

ספרות

https://www.fda.gov/medical-devices/coronavirus-disease-2019-covid-19-emergency-use-authorizations-medical-devices/in-vitro-diagnostics-euas-molecular-diagnostic-tests-sars-cov-2

https://corona.health.gov.il/testing-lobby